成人牧區
目前南聖共有「馬太牧區」、「馬可牧區」、「摩西牧區」、「路加牧區」、「約翰牧區」、「以利亞牧區」、「保羅牧區」以及「彼得牧區」等八個成人牧區，另外還有於2015年由各牧區分殖出來的「但以理牧區」、「約書亞牧區」以及「大衛牧區」三個小牧區。每個牧區皆由教會傳道人擔任區牧，牧養整個牧區，並設立有區長一職協助區牧處理牧區事務。牧區當中設立有小組長擔任小組牧養的職分。
大學牧區
你期待是一個怎麼樣子的大學生活呢？
有一群大學生他們活潑、熱情，
有他們的生活充滿笑聲，
有他們的場所載歌載舞，
有他們的地方彼此關心，
有他們的日子精彩無比，
-最重要的是，他們都有一顆愛主的心。
期待你的大學生活來這裡，感受、享受神來的愛。並且，勵志在言語、行為、愛心、信心、清潔上，都作信徒的榜樣。「我們愛，因為神先愛我們。」(約壹4:19)大學牧區歡迎你
高中牧區
高中生，本來就是半大不小、渴望獨立、認識自己、尋求自我肯定的年紀，這個年紀同時也是品格建立、認識生命核心價值的黃金歲月，高中牧區本著聖經的原則──「不可叫人小看你年輕．總要在言語、行為、愛心、信心、清潔上．都作信徒的榜樣」( 提前四12 )，期待透過每週固定的團契聚會、小家輔導牧養、教會服事參與、青少年門訓裝備等等的整合，建造孩子成為【合神心意、有良好屬靈習慣、柔和謙卑、樂意與神同行】的神國領袖，盼望和家長們一起幫助我們的孩子【找到自己生命的價值、發現值得燃燒自己熱情的祭壇、進入神創造的命定、完成神榮耀的異象】，使神在教會中的心意得到滿足。
國中牧區
台南聖教會國中牧區，服事台南地區的國中生，讓學生在國中時期建立基督信仰的核心價值，讓信仰進入生活的不同層面，見證並且活出神的榮耀！
教育並輔導學生在四層的關係建立，讓學生教會中有美好的成長。分別是【學生與上帝的關係】、【學生與家庭的關係】、【學生與課業的關係】、【學生與小組的關係】。
每週六晚上七點半，二樓大衛廳，針對國中生有不同形態的聚會，透過同儕一起學習體驗。每周日上午九點半，三樓大會堂，和教會弟兄姊妹一起敬拜，領受神的話語。
在不同的時期，按照門訓安排，還有不同的信仰課程設計，在信仰上有更多認識！還有更多的活動資訊，會在聚會中報告說明。歡迎參加一同享受從神的來的喜樂！
兒童牧區
台南聖教會兒童牧區幼稚班與國小生約有兩百多個孩子，就像一個愛的大家庭。常常可以在大衛廳聽到孩子們讚美神的悅耳歌聲，充滿活力的笑聲，大家一起專心的聽講道敬拜神。這是一個歡迎每一個孩子的天地，孩子們可以學習愛自己、愛人與愛神的地方。耶穌說：「讓小孩子到我這裡來，不要禁止他們；因為在天國的，正是這樣的人。」(馬太福音19:14)
「喜樂！合一！耶穌第一！」願孩子們能走當行的道路上，成為榮神益人的人，就是到老也不偏離。
媽媽小組
南聖媽媽小組成立至今已超過十幾年，目前29個媽媽小組分散在11個成人牧區中，每個小組於週間按不同的需要，各自在不同的時間與地點聚會，一年兩次（復活節及聖誕節前夕）的媽媽小組聯合聚會，凝聚了每位參與者的心，節目內容新鮮又豐富：個人生命見證，戲劇，舞蹈，重唱…，而隔兩天的主日崇拜媽媽聯合獻詩更是高潮迭起，近200人的美妙樂音令人感動與震撼。
在不斷的更新與突破中，媽媽小組不但吸引慕道友認識主，更造就了為神盡心擺上的大群姊妹──「主發命令，傳好信息的婦女成了大群」(詩篇68:11)，福音的事工不斷被擴展，教會一股生命力不斷的延續，小組長與小組員的互動，所看見的是彼此相愛與神蹟奇事。
2015年11月29日更突破了過去的型態，主日崇拜全由姊妹們擔綱，姊妹的力量成就了福音的功效，期盼媽媽小組都如箴言所說：「艷麗是虛假的，美容是虛浮的，惟敬畏耶和華的婦女，必得稱讚」(箴言31:30)。
原住民小組
於2014年11月成立，在每週五晚上7:30，相聚於台南聖教會。成立緣由乃為將教會的原住民聚集起來，成為福音出擊的配搭及見證。
屬功能性小組的原民小組(每個成員皆有所屬的牧養單位～小組及牧區)，目前小組人數雖不多，但已包含阿美、排灣、泰雅、布農、達悟五族，並熱情參與原民小組的非原住民弟兄姊妹。
在大頭目高敏智牧師、族長郭恩容牧師的領軍下，每次的聚會充滿歡笑聲、歌聲、淚水及代禱聲，盼望在生命的相互激勵中，恢復神在原住民中起初美好的形象，成為生命見證的榜樣，服事神、榮耀神的器皿。
日語牧區
隨著台南聖教會宣教禾場的擴張，以日本宣教為最終目標，培養教會日語人才為宗旨，2016年3月南聖成立日語小組；2018年5月13日正式成立日語牧區，每周日下午3:30於1樓約書亞廳舉行日語崇拜。
英文牧區
英文堂聚會為每周日上午10:00在教會6F約書亞廳聚會，廣邀外國講員前來分享上帝的話語，並於會後設立國際小組，使肢體連結，互相交通。