行政總部》人事關懷
關懷部主要的事工，除了週間依著弟兄姊妹的需要有關懷探訪外，在星期二與星期五的下午分別有奇美與成大醫院的福音探訪隊，透過詩歌與見證分享，期盼神的愛能觸摸他們，進而認識這位慈愛的主。另外，在主日結束後，亦有新朋友的引導、代禱與教會簡介，讓新朋友能更多的認識教會，能透過直接的接觸分享，進而介紹到小組，由小組持續跟進關懷。除此之外，電話的關懷與持續追蹤也扮演著重要角色。
關懷事工，是令人興奮又倍覺溫暖的使命與恩典，相信教會有許多弟兄姊妹，都曾經歷關懷人與被關懷的甘甜，肢體間相互扶持與幫補，是教會最大的喜樂，一方面分擔牧師繁忙的牧會事務，弟兄姊妹得著造就與被關心，是關懷事工最引以為樂的
財產安管部主要工作為教會各項總務事工之統整與管理，不論是建築、裝潢、修繕等都在財產安管部門工作範圍。大致可分為－－
a.「場地使(借)用管理」；
b.「器材使(借)用管理」；
c.「教會財產設備管理修繕」；
d.「教會事工雜務規劃安排」…等。
行政總部》財產安管
行政總部》會計保險
會計部門掌管教會所有奉獻收入以及財務支出，並於每年印發奉獻憑證，及彙整年度所有奉獻資料送交國稅局備查。各項奉獻收入分類與用途如下：
什一奉獻：會友每個月收入的十分之一(教會經常費支出)
建堂奉獻：償還銀行貸款(不足款項由教會什一奉獻轉入)
牧區奉獻：存入各牧區帳戶(各牧區活動支出)
感恩奉獻：節慶、生日、生產……(教會經常費支出)
特別奉獻：短宣、天然災害……(宣教費用支出、對他教會或救災奉獻)
其他奉獻：園藝、影音設備……(教會硬體設備支出)
事業基金部乃教會設立之相關事業及各項企劃事工之籌畫。目前設有實體店面者有「方舟書房」以及「方舟咖啡」，皆隸屬新天新地文化藝術基金會。另外，配合各項事工，亦設立有網路平台「方舟小棧」，匯集各項資訊、以及分享。教會外之各項企劃聯絡事工，主要為－－
a.「各單位活動場地接洽安排」；
b.「教會對外活動設備企劃」；
c.「教會(財團法人)法務及稅務」；
d.「特約廠商合作約定」；
e.「泉源旅行社旅遊規劃」…等。
行政總部》事業基金
教育訓練》門訓學校
門訓是教會的教育系統，因應時代潮流的變化與挑戰，每年的門訓課程也不斷更新，在真理的根基上要回應時代議題。門徒訓練學校的宗旨是：「裝備門徒，委身教會，成為神國度的工人。」
門訓學校分為四個學院：聖經實踐學院、音樂藝術學院、英語宣教學院以及媒體傳播學院，2015年，教會的宣教異象不斷打開，為了訓練全方位的人才，並切合教會的異象使命，開始成立門訓專科班，培訓教會的神學生。門訓聖經課程的規劃，幫助弟兄姊妹循序漸進建立聖經知識和信仰生活，以合一的言行見證基督；音樂、藝術課程培養優質的生命內涵，並以此作為媒介與城市對話，進而轉化城市；英語課程裝備學員進一步參與跨國際、跨語言的宣教事工；媒體課程因應全面數位化的整合趨勢，爭取最佳的媒體發聲效應，走進上帝所預備、帶領的媒體宣教道路。
你們要讚美耶和華！在神的聖所讚美他！在他顯能力的穹蒼讚美他！要因他大能的作為讚美他，按著他極美的大德讚美他！要用角聲讚美他，鼓瑟彈琴讚美他！擊鼓跳舞讚美他！用絲絃的樂器和簫的聲音讚美他！用大響的鈸讚美他！用高聲的鈸讚美他！凡有氣息的都要讚美耶和華！你們要讚美耶和華！」(詩篇150)
教會的敬拜是「宣告」的武器，敬拜所能帶來的能力超乎想像，有恩典、有醫治、有生命的帶領和危難中的安慰，許多人說台南聖教會音樂很強，但事實上，教會的強不是音樂，而是異象。教會沒有音樂部，但有敬拜部，音樂是工具，帶來靈裡的喜樂與更新。
目前教會有錫安敬拜團和新錫安敬拜團兩個全教會性的敬拜團隊以及其他許多音樂事奉單位。
教育訓練》敬拜音樂
教育訓練》國際事工
台南聖教會於2015年三月分正式設立英文崇拜，從敬拜到講道，乃至會後的小組分享，都以全英文為主軸，好讓外國友人能夠一起進到教會當中，一同領受上帝的恩典，成為肢體、彼此相愛。並於2016年正式將英文相關事工納入「國際事工部」，期待透過部門層級的擴展，可以讓更多的人進到教會當中。
英文堂聚會為每周日上午11:00在教會6F約書亞廳聚會，廣邀外國講員前來分享上帝的話語，並於會後設立國際小組，使肢體連結，互相交通。目前國際事工部由吳玉萍牧師負責，另外由國際宣教會(OMS)所差派，來自美國堪薩斯城的Rick Beard牧師，預計將於2016年8月正式加入同工的行列，期待成為國際事工部更進一步發展的幫助。
配合教會門徒訓練事工的發展，教會亦設立一圖書室擺放相關書本資源供教學備課使用。
南聖圖書室設立於教會二樓，目前正積極規劃籌備當中，除了邀請中台神學院圖書館館長協助相關的建置以及整合之外，也將添購各樣所需硬體，好提供一個良好的閱讀環境。圖書室藏書以聖經註釋等工具書為主，另外亦有神學類、信仰生活類等相關書籍。
教育訓練》圖書管理
傳播工作》文字平面
文字部目前負責製作教會各樣文宣品，包括每週的教會週報、門訓招生簡章、宣教季刊、福音單張、海報、對外音樂會節目單……等，也會報導教會性的各樣聚會內容，或是對外的福音工作，將見證化為文字，傳遞教會的異象與感動。
台南聖教會的網路團隊有一群滿腔熱血的弟兄姊妹所組成，雖然我們沒有多麼專業的技能，但我們相信為了福音的緣故，上帝會加添我們更用的恩典。我們有三大目標：
對內：服務弟兄姊妹，提供更加便利的網路資訊以及管道。
對外：傳揚基督福音，透過我們所做的每一個事工去接觸到在網路世界當中的人群。
建立團隊：建立一個彼此扶持、彼此相愛、彼此幫補、彼此相愛的團隊。
目前主要事工有教會各式網站的建構以及管理、社群媒體的經營以及教會APP的開發。將來我們也將配合物聯網（IOT）時代的來臨，順應智慧城市的推展，進而發展出智慧教會的概念，讓每一個弟兄姊妹都在這當中享受資訊所帶來的便利生活。
傳播工作》網路資訊
傳播工作》導播音響
為了因應全面數位化的媒體發展與整合趨勢，爭取最佳的媒體發聲效應，走進上帝所預備、帶領的媒體宣教道路。透過在網站、節目、影音、文字資訊各層面上，對內預備同工的製作能力，以便面對瞬息萬變的媒體環境，建立對外世代發言的影響力，透過創意與製作的全面提升，增加基督文化對城市的影響力。
神在媒體成就祂的工作，跟隨祂的腳步，一同接觸人群、感動人心、改變生命！
教會領受宣教的意象，各牧區積極在城市當中認領宣教單位，舉凡醫院、養護中心、長青公寓、啟聰學校等，都在牧區的關懷之下推展宣教事工。在基層以實際、固定的關懷探訪，或是舉辦小型音樂同樂會，甚至是在聖誕節的時候協辦聖誕活動。
除此之外，教會醫療團契也配合恆春基督教醫院，派出醫護人員在主日協助恆基在偏鄉的醫療工作，盼望透過醫療成為媒介，醫治人的身體也帶來心中的平安。
基層宣教》基層宣教
基層宣教》原民宣教
長久以來，原住民事工一直是南聖在福音的執事當中所領受的異象，在新會堂落成之後，於2009年開始，重啟每年暑假在原住民地區的宣教事工。透過與當地教會以及學校的連結，盼望將福音的種子帶到需要的地區當中。
除此之外，教會也積極在每週主日派出隊伍前往友好原住民教會，一同參與主日，一同領受恩典，並且在原住民教會有需要的時候，全力提供實質上的協助。2016年3月13日，來自台南以及屏東的六間原住民教會齊聚南聖，展開原住民教會主日，並且將313訂為南原宣主日，期盼透過長期的連結，在城市之中建立部落，使人找到歸宿，領人歸主。
佳美社區學苑於2003月七月開始，一開始的招生對象先設定在白天有空的婦女朋友，師資就從身懷絕技和對自己興趣充滿熱情的姊妹們開始邀請，因不是以營利為目的，所以佳美的原則向來是「三人開班，五人額滿，十人爆滿」，經過了十來年，恩典一直夠用，經過老師們用心地經營付出，「口碑」是最大的宣傳，許多人因此接觸到教會，進而受洗和開始全新的信仰生命。
目前的課程以成人為主，課程的範圍從烘焙、料理、手工皂、DIY、裁縫、編織等等到知性類的電腦、語文課、甚至是穴道按壓和刮痧的保健課，近年來更開始實用的手機平板的使用課程。台南聖教會的弟兄姊妹臥虎藏龍，愛主和一顆願意服事的心使每個老師將自己最愛的興趣獻上，猶如「五餅二魚」一樣，成就超乎想像的影響和果效！
